Tiedostojen siirtäminen käyttäjän tietokoneelta Shell-palvelimelle ja takaisin onnistuu hyvin helposti. Kopiointi onnistuu helpoiten käyttämällä Windowsisista tuttua "Vedä ja pudota (Drag & Drop)" -toimintoa, eli valitsemalla tiedostot/hakemistot jotka halutaan kopioida ja vetämällä sekä pudottamalle ne kohdehakemistoon.

Toinen vaihtoehto on mennä suoraan vasemmalla olevaan ikkunaan ja sieltä oikeaan hakemistopolkuun, valita oikea hakemisto/tiedostot ja oikealla napilla valita "Upload". Tällöin ohjelmisto alkaa siirtämään niitä palvelimelle siihen hakemistoon, joka on valittuna oikealla olevassa ikkunassa. Kannattaakin varmistaa, että hakemistopolut ovat aina oikein.

Tiedostojen kopioiminen palvelimelta takaisin onnistuu samalla tavalla, kunhan vain muistaa valita kopioitavat tiedostot palvelimelta, ja valita "Download!", mikäli ei halua käyttää "Vedä ja pudota" -toimintoa.